La Agencia Estatal de Investigación, se encargará de la financiación, evaluación, ejecución y seguimiento de los fondos para la I+D, y trabajarán en ella cerca de trescientas personas con el objetivo de gestionar las ayudas de manera más ágil, flexible y autónoma. La planificación será plurianual con objetivos a medio plazo, lo que dotará de estabilidad a las convocatorias.

El pasado día 27 de noviembre, el Consejo de Ministros ha aprobado, mediante un Real Decreto, la creación de la Agencia Estatal de Investigación con el objetivo de dotar al sistema español de Ciencia, Tecnología e Innovación de una gestión más flexible, ágil y autónoma. Esta Agencia, una demanda de la comunidad científica recogida en la Ley de la Ciencia de 2011, se encargará de la financiación, evaluación y asignación de fondos para la I+D. Realizará, además, actividades de seguimiento de las actuaciones financiadas para mejorar la medición de los resultados y de su impacto.

La Agencia Estatal de Investigación tiene como propósito mejorar la eficacia de los servicios prestados por la Administración General del Estado en materia de I+D+i, la incorporación de las mejores prácticas internacionales de evaluación, la rendición de cuentas de las ayudas otorgadas y la simplificación de los procedimientos administrativos.

La Agencia se crea a coste cero con los recursos humanos y materiales de la Secretaría de Estado de I+D+i, y su puesta en marcha será en 2016. En un plazo no superior a sesenta días se constituirá el órgano de gobierno de la Agencia, el Consejo Rector, que deberá nombrar como director, único responsable ejecutivo, a un investigador o tecnólogo con experiencia en la gestión de la I+D. En este periodo, de manera provisional, la dirección de la Agencia será asumida por la directora general de Investigación Científica y Técnica.

El nuevo organismo contará con, aproximadamente, trescientos empleados que gestionarán las ayudas de la Secretaría de Estado de I+D+i. La Agencia tiene capacidad para gestionar, además, las ayudas de I+D de otros ministerios mediante convenios y podrá sumar también la gestión de fondos privados. Actuará en coordinación con el Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), el otro gran agente financiador de la I+D+i, en su caso destinado especialmente al mundo empresarial.

La Agencia Estatal de Investigación dotará de mayor estabilidad a las ayudas públicas de la I+D gracias a la planificación plurianual de sus recursos. Podrá fijar objetivos a medio plazo y posibilitará que las convocatorias de proyectos o de Recursos Humanos cuenten con la necesaria previsibilidad en los plazos y en la financiación. Dispondrá, además, de un sistema de evaluación independiente basado en criterios científicos y técnicos para asegurar la promoción de la calidad y la excelencia.

Con la creación de esta Agencia se da cumplimiento a la Ley de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación de 2011, a la Ley de Presupuestos Generales del Estado de 2015 y al Programa Nacional de Reformas. Asimismo, se establece un modelo equiparable con los países punteros en ciencia de la Unión Europea y se siguen las recomendaciones del Consejo de la Unión Europea y del ERAC Peer Review, que hizo una auditoría en 2014 del sistema español de Ciencia, Tecnología e Innovación a petición del Ministerio de Economía y Competitividad.​​​